Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΧρόνια μετά τον υποτιθέμενο θάνατο του Michael, υπάρχουν ενδείξεις ότι μπορεί και να ζει. Ο Lincoln ξαναβρίσκει παλιούς φίλους και εχθρούς για να λύσει το μυστήριο. Αλλά ακόμα και αν ο Michael είναι ζωντανός, παραμένει ο ίδιος άνθρωπος που ήταν;
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΚαθώς οι Lincoln και C-Note αναζητούν τον 'Σεΐχη του Φωτός' , ο Michael μαζί με τον συγκρατούμενό του, Whip προσπαθούν να δραπετεύσουν από τη φυλακή Ogygia. Στο μεταξύ, η έρευνα της Sara σχετικά με την επανεμφάνιση του Michael την οδηγεί στο Υπουργείο Εξωτερικών και σε μία άβολη συνάντηση με τον Paul Kellerman.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΌταν ο T-Bag αιφνιδιάζει τη Sara, την προειδοποιεί ότι οι Van Gogh και A&W - δύο από τους ακόλουθους του Poseidon - είναι πιθανό να την παρακολουθούν. Στο μεταξύ, ο Lincoln προσπαθεί να ανακτήσει το διαβατήριο που του κατάσχεσαν για να δραπετεύσει από την Υεμένη.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟι Michael, Whip και Ja προσπαθούν για τελευταία φορά να δραπετεύσουν από τη φυλακή Ogygia, αλλά πρέπει να κάνουν μία συμφωνία με το Διάβολο για να τα καταφέρουν.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Lincoln απογοητεύεται καθώς προσπαθεί να καταλάβει τι πραγματικά συνέβη στον Michael.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael, ο Lincoln και όσοι βρίσκονται ακόμα στη φυλακή Ogygia προσπαθούν να δραπετεύσουν από την Υεμένη και καταλήγουν στην έρημο τρέχοντας να σωθούν από τον εκδικητικό Cyclops.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΗ Sara ανησυχεί για την ασφάλεια της οικογένειάς της όταν ανακαλύπτει τον πραγματικό λόγο για τον οποίο ο Michael προσποιήθηκε ότι πέθανε.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΌταν η ασφάλεια της Sara και του γιου της απειλείται, ο Michael και ο Lincoln ζητούν τη βοήθεια των Sheba και C-Note για να επιχειρήσουν να πιάσουν τον Poseidon.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΕπικίνδυνες απειλές κάνουν τον Michael και τον Lincoln να μάχονται για να προστατέψουν τη Sara και τον Mike.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael ανακαλύπτει απίστευτα στοιχεία όταν αναζητά εκδίκηση για τον θάνατο της Sara. Ο Michael και ο Lincoln λαμβάνουν μια προσφορά από το Υπουργείο Εσωτερικής Ασφάλειας την οποία δεν μπορούν να αρνηθούν.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΓια να μπορέσει να πάρει ένα αντίγραφο του αρχείου Scylla, η ομάδα πρέπει να εισβάλλει στο καλά φυλασσόμενο σπίτι του ιδιοκτήτη της εταιρείας, του Tuxhorn, και ο T-Bag φτάνει στα άκρα για να επιβιώσει.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael και η ομάδα έχουν μόλις μια μέρα για να βρουν τον επόμενο κάτοχο του αρχείου αλλιώς κινδυνεύουν να ξαναμπούν στη φυλακή. Ο Mahone θέλει να πάρει εκδίκηση για τον Wyatt, ο οποίος αναζητά τη Sara. Ο T-Bag βρίσκει τον δρόμο για τη νέα του ταυτότητα και το μέλλον του.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟι Michael, Lincoln και Sucre πρέπει να εκμεταλλευτούν ένα αστυνομικό επίδομα για να αποκτήσουν το αρχείο δεδομένων. Αναστατωμένη από έναν ακόμη θάνατο, η Sara επιστρέφει σε μια παλιά συνήθεια. Ο T-Bag κινεί υποψίες και συναντά κάποιους παλιούς 'φίλους' την πρώτη μέρα στη νέα του δουλειά.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΗ παρέα, με τη βοήθεια του Don, πρέπει να σπάσει ένα χρηματοκιβώτιο σε ένα κυβερνητικό κτίριο για να πάρει το επόμενο αρχείο Scylla. Ο Mahone προσπαθεί να εντοπίζει τον Wyatt και ο T-Bag παραλίγο να αποκαλυφθεί και δέχεται μια ενοχλητική επίσκεψη.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Mahone συλλαμβάνεται, θέτοντας όλη την ομάδα σε κίνδυνο και βάζοντας τον εαυτό του στο κέντρο της προσοχής του Wyatt. Ο T-Bag αναγκάζεται να φύγει όταν αποκαλύπτεται το σχέδιό του και η Gretchen επισκέπτεται την αποξενωμένη οικογένειά της.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΕνώ οι Linc, Sucre, Sara και Roland ακολουθούν έναν κάτοχο αρχείου Scylla στο Λας Βέγκας, οι υπόλοιποι κυνηγούν τον T-Bag και ο Don αντιμετωπίζει τον Pad Man.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΈνα τολμηρό σχέδιο οργανώνεται για να πάρουν το τελικό αρχείο από τον Pad Man και μια άβολη συμμαχία συμφωνείται με την Gretchen, αλλά μέσα στην ομάδα υπάρχει ένας προδότης.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΗ ομάδα πρέπει να περάσει μέσα από έναν αγωγό νερού 30.000 γαλονιών για να φτάσει στο Scylla. Ο T-Bag αποφεύγει μια έρευνα και ο Mahone περιμένει να πάρει εκδίκηση για τον αιχμάλωτο Wyatt.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael καταρρέει και πρέπει να πάει στο νοσοκομείο. Ο Sucre πέφτει πάνω σε μια νάρκη. Ο Mahone συναντά τον σχεδιαστή του Scylla και η Trishanne κρατά ένα μυστικό που προκαλεί έκπληξη.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΗ ομάδα βάζει σε λειτουργία το λεπτομερές της σχέδιο για την απόκτηση του Scylla, με τη βοήθεια του αποξενωμένου Michael. Η Gretchen αντιμετωπίζει ένα εμπόδιο στην απόκτηση του έκτου αρχείου.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael και η ομάδα φέρνουν εις πέρας την κλοπή του Scylla βαθιά στα κεντρικά γραφεία της εταιρείας, αλλά τους περιμένει μια φρικτή έκπληξη.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΚαθώς η ομάδα αντιμετωπίζει την προδοσία του Don, ο Linc αιχμαλωτίζεται και ο Don αναγκάζει την Gretchen να τον βοηθήσει να βρει νέο αγοραστή για το Scylla.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟι Don, Gretchen, Michael και η Εταιρεία κυνηγούν το Scylla. Ο T-Bag, έχοντας αιχμάλωτη την οικογένεια της Gretchen, πρέπει να πάρει μια δύσκολη απόφαση.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael μπαίνει στο χειρουργείο και έχει παραισθήσεις με έναν παλιό φίλο που του δίνει συμβουλές. Καθώς οι Linc και Sucre προσπαθούν να ανακτήσουν το Scylla πριν το πουλήσουν οι Self και Gretchen, ο Michael συνειδητοποιεί κάτι για την αληθινή φύση του Scylla.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟι Linc, Self, Gretchen και T-Bag πηγαίνουν στη Φλόριντα για να ανακτήσουν το Scylla. Ο Michael, αιχμάλωτος στην Εταιρεία, μαθαίνει κάτι συγκλονιστικό για τη μητέρα του.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΗ Εταιρεία φέρνει τους Lincoln, Mahone, T-Bag και Don Self αντιμέτωπους με τους Michael και Sara σε έναν αγώνα για την ανάκτηση του Scylla και όλοι οι δρόμοι φαίνεται να οδηγούν στη μητέρα των Michael και Linc.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael και ο Lincoln τα βρίσκουν σε σχέση με το Scylla καθώς η Christina διατάζει μια εκτέλεση και βάζει σε ισχύ το σχέδιό της. Η Sarah λαμβάνει απροσδόκητα νέα.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael έχει μια άβολη συνάντηση με την Christina, η οποία ρίχνει μια βόμβα σε σχέση με τον Lincoln. Ο Lincoln σπεύδει να σταματήσει το φονικό σχέδιο της Christina.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΧάος προκαλείται στο ξενοδοχείο μετά τη δολοφονία στο συνέδριο παγκόσμιας ενέργειας και ο Michael πρέπει να αποφασίσει εάν θα σώσει τη Sara ή τον Lincoln.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟικεία πρόσωπα επιστρέφουν για να βοηθήσουν τον Michael στην προσπάθειά του να καταστρέψει δια παντός την Εταιρεία.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael έρχεται σε μια τελευταία αντιπαράθεση με τη μητέρα του και δέχεται μια προσφορά βοήθειας από τον Kellerman, η οποία ίσως αποδειχτεί πολύ καλή για να είναι αληθινή.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΗ ευτυχία του Michael και της Sara είναι σύντομη, αφού η Sara μπαίνει στη φυλακή και ο Michael πρέπει να την ελευθερώσει πριν ο εκδικητικός Krantz οργανώσει τη δολοφονία της.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael σχεδιάζει την τελευταία του απόδραση για να μπορέσει να ελευθερώσει τη Sara, αλλά εκείνη πρέπει να παραμείνει ζωντανή για να τη σώσει ο Michael.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael προσπαθεί να επιβιώσει στις φυλακές Sona και έρχεται σε σύγκρουση με τον Lechero, τον αρχηγό της φυλακής. Η αναζήτηση του Linc για τη Sara έχει σοβαρές συνέπειες.
Ο Michael προσπαθεί να σιγουρέψει την ασφάλεια του Whistler και ο Lincoln ερευνά τη Sophia.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael αντιμετωπίζει μια σειρά από αδιέξοδα και μαθαίνει για τον Whistler. Ο Lincoln προσπαθεί να σώσει τη Sara και τον LJ.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΚαθώς ο Mahone αρχίζει να έχει παραισθήσεις και ο T-Bag ανεβαίνει στην ιεραρχία της φυλακής, ο Michael οργανώνει ένα σχέδιο απόδρασης.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΤο σχέδιο απόδρασης του Michael παραλίγο να δουλέψει αλλά καταστρέφεται την τελευταία στιγμή. Ένας νέος τρόφιμος μπορεί να ξέρει κάτι για το παρελθόν του Whistler και ο T-Bag χάνει την εύνοια του Lechero όταν υπερασπίζεται τη Sister Mary Francis.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Whistler κατηγορείται για φόνο λίγο πριν την απόδραση, ο Mahone δέχεται πρόταση για μια καλύτερη συμφωνία και ο Linc με τη Sophia πρέπει να ναρκώσουν τον φρουρό.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟι προτεραιότητες αλλάζουν καθώς ο Michael και ο Whistler αναγκάζονται να πολεμήσουν μέχρι θανάτου. Η δύναμη του Lechero μειώνεται, ο Linc και η Sophia προσπαθούν να σώσουν τους αγαπημένους τους και ο μυστηριώδης εργοδότης της Susan αποκαλύπτεται.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΗ Susan κάνει μια τελευταία προσπάθεια να βγάλει τον Whistler από τη φυλακή Sona και το σχέδιό της κάνει τους πάντες αναλώσιμους.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΈνας καινούριος φρουρός στη φυλακή Sona βάζει τον Michael στην απομόνωση, αλλά τελικά του προσφέρει ελπίδα.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟι Michael, Mahone, Whistler και Lechero προσπαθούν να αποδράσουν μέσα από το τούνελ. Ο Lincoln και ο Sucre υποτιμούν τη Susan.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΚαθώς ο Michael οριστικοποιεί τα σχέδια για την απόδραση μέσα από το τούνελ, οι υπόλοιποι συνωμότες αρχίζουν να τον καταδίδουν. Όταν η Sophia βρίσκεται υπό απειλή, ο Whistler σκέφτεται την προδοσία.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟι Michael, Whistler και McGrady δραπετεύουν από τη Sona, αλλά δεν πάνε όλα σύμφωνα με το σχέδιο και η ανταλλαγή συμβιβάζεται.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ LJ και ο Whistler τελικά ανταλλάσσονται αλλά ακόμα περισσότερες εκπλήξεις περιμένουν στη γωνία. Η απάτη του T-Bag επιτέλους αποδίδει καρπούς.
Κ-ΕΗΓΣΚ-ΕΗΓΣΟ Michael και η ομάδα του ξεφεύγουν από τον Bellick, αναγκάζοντάς τον να παραιτηθεί από το FBI. Ο ειδικός πράκτορας Mahone σπάει τον κωδικό των σχεδίων απόδρασης του Michael.
Ο Mahone χρησιμοποιεί τον LJ ως δόλωμα για να παγιδεύσει τον Lincoln και τον Michael. Ο T-Bag ξαναβρίσκει το κομμένο χέρι του και μια απεγνωσμένη διάσωση από το δικαστήριο φέρνει τα αδέρφια πρόσωπο με πρόσωπο με τον εχθρό τους.
Το πιο πολύτιμο αντικείμενο του Michael πέφτει στα χέρια του Mahone. Ο Κυβερνήτης κάνει μια συγκλονιστική ανακοίνωση στη Sara και οι Sucre και C-Note προσπαθούν να ξανασυναντηθούν με τις οικογένειές τους, με οποιοδήποτε τίμημα.
Ο Bellick πιάνει τον Michael και την ομάδα του, αλλά δεν είναι η αμοιβή της αστυνομίας που τον ενδιαφέρει. Η Nika στήνει παγίδα σε κάποιον αλλά δε γνωρίζουμε σε ποιον και η ανάγκη του Abruzzi για εκδίκηση τον αναγκάζει να πληρώσει το υπέρτατο τίμημα.
Τα αδέρφια φτάνουν επιτέλους στη Γιούτα όπου ανακαλύπτουν ότι δεν είναι μόνοι τους. Ο Sucre περιμένει στην εκκλησία. Ο C-Note μάχεται για τη ζωή του και το Double K Ranch δε θα αποκαλύψει τα μυστικά του εύκολα.
Με τα εκατομμύρια να βρίσκονται θαμμένα κάτω από ένα συγκρότημα κατοικιών, ο Michael πρέπει να κάνει τον T-Bag να θυμηθεί τον χάρτη και να βρουν έναν τρόπο να μπουν στον χώρο. Ο Mahone πλησιάζει τη λεία του ακόμα περισσότερο και ένας από τους δραπέτες βρίσκεται κοντά στο τέλος.
Οι δραπέτες βρίσκουν τον κρυμμένο θησαυρό, αλλά ο Sucre έχει άλλα σχέδια. Ο Lincoln ρισκάρει τα πάντα για να σώσει τον LJ. Η οργάνωση The Company αποπειράται να δολοφονήσει τη Sara και ο Mahone βάζει τον Tweener στην απόλυτη δοκιμασία.
Με τα 5 εκατομμύρια να έχουν εξαφανιστεί και την αστυνομία να πλησιάζει, ο μόνος τρόπος διαφυγής για τους Michael και Sucre είναι μέσα από το ποτάμι. Ο Lincoln ξαναβρίσκει τον LJ και τη Sara και ο Kellerman προσπαθεί να αποκωδικοποιήσει τα σημάδια που άφησε πίσω του ο Michael.
Ο Michael επισκέπτεται τη γυναίκα του Mahone και συμπληρώνει τα κενά στο σκοτεινό του μυστικό. Ο Bellick στήνει ενέδρα στον T-Bag και δε θα σταματήσει πουθενά προκειμένου να μάθει που βρίσκονται τα χρήματα. Ο Lincoln και ο LJ δείχνουν να βρίσκονται κοντά στο τέλος.
Ο Michael και η Sara βρίσκονται ξανά, αλλά η συνάντησή τους δεν κρατά πολύ καθώς ο Mahone πλησιάζει. Ενώ ταξιδεύει με τον LJ, ο Lincoln συναντά τον πατέρα του και ο Bellick κάνει τελικά τον T-Bag να αποκαλύψει το μυστικό του, με άσχημο τρόπο.
Για να ξανασυναντηθεί με τον Michael, ο Lincoln πρέπει να αφήσει πίσω του τον LJ. Το σχέδιο του Michael να βρει ένα αεροπλάνο διαφυγής δεν ευδοκιμεί. Ο T-Bag ξεφεύγει από την αστυνομία αλλά πληρώνει ένα τρομερό τίμημα. Ο Kellerman βασανίζει τη Sara για να πάρει αυτό που θέλει.
Η Sara ξεφεύγει από τον βασανιστή της. Ο Aldo συμφιλιώνεται με τον Michael αλλά πληρώνει το υπέρτατο τίμημα και οι Michael και Lincoln αποφασίζουν να σταματήσουν να τρέχουν για να ξεφύγουν και να έρθουν αντιμέτωποι με τους διώκτες τους.
Ο Bellick επιστρέφει στο Fox River, άλλα όχι με τον τρόπο που είχε σχεδιάσει. Ο Michael και ο Lincoln κατευθύνονται προς τα εκεί, αλλά οι Mahone και Kellerman κάνουν ό,τι μπορούν για σκοτώσουν τα δύο αδέρφια. Ο T-Bag κάνει μια απρόσμενη επίσκεψη στη Mrs. Hollander.
Ο Kellerman φέρνει τους Michael και Lincoln αντιμέτωπους με τον Steadman, αλλά τα σχέδιά τους αποκαλύπτονται στη στιγμή. Ο Bellick νευριάζει τον λάθος κατάδικο στο Fox River και ο 'Uncle Teddy' T-Bag τρομοκρατεί τους Hollander με τη δική τους εκδοχή της 'οικογένειας'.
Ενώ καταδιώκονται από τον Kellerman, ο Michael και ο Lincoln αποκαλύπτουν την ιστορία τους στην τηλεόραση. Ο Michael στέλνει ένα κωδικοποιημένο μήνυμα στη Sara το οποίο θα μπορούσε να τους επανενώσει όλους και ο Bellick δίνει στον Mahone ένα πολύτιμο στοιχείο.
Όταν γίνεται ληστεία στο εστιατόριο που τρώνε, ο C-Note πρέπει να βάλει την υγεία της κόρης του πάνω από τη ζωή μιας σερβιτόρας. Ο Κellerman λύνει τον γρίφο του κλειδιού της Sara, αυτό όμως θα μπορούσε να είναι παγίδα για τα αδέρφια. Ο Mahone κάνει μια προσφορά στους Bellick και Haywire.
Ο Michael και η Sara στρέφονται στον Henry Pope για να ανακτήσουν τις πληροφορίες που θα καταστρέψει την οργάνωση The Company. Ένας δραπέτης πρέπει να διαλέξει ανάμεσα στην κόρη του και τους φίλους του και ο T-Bag πηγαίνει την οικογένεια Hollander στο πατρικό του σπίτι.
Οι Michael, Lincoln και Sara επιτέλους ακούν τα στοιχεία που αθωώνουν τον Lincoln, αλλά θα χρειαστούν άλλον έναν σύμμαχο για να ακουστεί η αλήθεια. Ο T-Bag πηγαίνει σε ψυχίατρο, και για να προστατέψει την οικογένειά του και ο C-Note πρέπει να κάνει την απόλυτη θυσία.
Ο Michael αντιμετωπίζει τις συνέπειες, αλλά επιτέλους έρχεται πρόσωπο με πρόσωπο με τον πρόεδρο. Μια απρόσμενη συμμαχία αναπτύσσεται ανάμεσα στον Bellick και τον Sucre, ο T-Bag χάνει τα λεφτά του και ο C-Note μπορεί να βγει έξω εάν προδώσει τον Mahone.
Καθώς τα αδέρφια είναι πλέον κοντά στην ελευθερία, η Sara αναγκάζεται να θυσιαστεί για να σιγουρέψει την ασφάλειά τους. Ο T-Bag αφήνει ένα ίχνος θανάτου νότια από τα σύνορα και ο C-Note επιτέλους λαμβάνει την προσφορά που ήλπιζε.
Η Sara δικάζεται. Ο Michael είναι αποφασισμένος να πάρει τα 5 εκατομμύρια και να σταματήσει την τρομοκρατία του T-Bag. Ο Kellerman αντιμετωπίζει τους δαίμονές του και ο Lincoln με τον Mahone αναμετρώνται.
Ο Michael επιχειρεί να σώσει τον Lincoln και τον εαυτό του από την προδοσία του Mahone. Ένας απίθανος μάρτυρας στη δίκη της Sara αλλάζει τα πάντα, ο Sucre ρισκάρει τη ζωή του για να βρει τη Maricruz και ο T-Bag διαλέγει τη λάθος πλευρά.
Δραματική σειρά για έναν νεαρό άνδρα ο οποίος είναι αποφασισμένος να αποδείξει την αθωότητα του φυλακισμένου αδερφού του και να τον γλιτώσει από τη θανατική καταδίκη που του έχει επιβληθεί, οργανώνοντας ένα λεπτομερές σχέδιο απόδρασης.
Καθώς οι φυλετικές εντάσεις οξύνονται μέσα στη φυλακή και η Veronica ασχολείται με την υπόθεση του Lincoln, ο Michael προσπαθεί να βρει ένα φάρμακο που θα τον βοηθήσει να βγει θετικός στο τεστ για διαβήτη και να βρει μια μεγάλη βίδα για το σχέδιο απόδρασης που έχει ετοιμάσει.
Ο Michael αντιμετωπίζει προβλήματα όταν βάζει στο σχέδιό του τους Abruzzi και Sucre. Η Veronica παίρνει κατάθεση από τη Leticia, αλλά μετά τη χάνει. Ο Lincoln σκέφτεται ότι θέλει ένα μέλος της οικογένειάς του να βρίσκεται μπροστά στην εκτέλεσή του.
Ο Michael αποκτά κάποια καυστικά χημικά για να τα χρησιμοποιήσει στο σχέδιο απόδρασης. Ο Haywire αναπτύσσει έναν παράξενο ενθουσιασμό με το τατουάζ του Michael και η Veronica ζητά περαιτέρω νομική βοήθεια στην έρευνά της.
Ενώ οι Kellerman και Hale προωθούν τη μεταφορά του Michael, εκείνος την εμποδίζει και τεστάρει το πρώτο μέρος του σχεδίου απόδρασης. Η Veronica και ο Nick μελετούν το βίντεο που καταδίκασε τον Lincoln, αλλά υπάρχει και κάποιος άλλος που το θέλει.
Το σχέδιο του Michael να εξασφαλίσει λίγο χρόνο για να δουλέψει προκαλώντας το κλείδωμα όλων των κελιών, οδηγεί σε ολοκληρωτική ανταρσία. Ο Nick πείθει τη Veronica ότι όντως θέλει να τη βοηθήσει και ο Kellerman αναθέτει σε έναν κρατούμενο να σκοτώσει τον Lincoln.
Κατά τη διάρκεια της ανταρσίας στη φυλακή, ο Michael σώζει τη Sara, o δολοφόνος προσπαθεί να σκοτώσει τον Lincoln και ο Bellick αψηφά τον Pope για να μιλήσει στον κυβερνήτη. Η Veronica και ο Nick ταξιδεύουν στην Ουάσινγκτον για να εντοπίσουν το τηλεφώνημα του πληροφοριοδότη.
Ο Michael προσπαθεί να βρει πώς θα μπορούσε να φτάσει υπογείως σε ένα κτίριο όπου βρίσκεται ο χώρος ανάπαυσης των φρουρών. Οι Kellerman και Hale επιχειρούν να σκοτώσουν τη Veronica και τον LJ και ο T-Bag προσπαθεί να αποφύγει την ευθύνη για τον φόνο του Bob.
Ο T-Bag χάνει έναν σκλάβο και στοχοποιεί έναν άλλο. Οι Kellerman και Hale συνεχίζουν να παρακολουθούν τον LJ, ο οποίος προσπαθεί να επικοινωνήσει με τη Veronica για βοήθεια. Επίσης, η ανικανότητα του Abruzzi να ικανοποιήσει τις απαιτήσεις των γκάνγκστερ βάζει σε κίνδυνο την απόδραση.
Για να ανακτήσει τον έλεγχο της ομάδας εργασίας και να αποκαταστήσει τις ελπίδες για απόδραση, ο Abruzzi πείθει τον Michael να πει στον Falzone που μπορεί να βρει τον Fibonacci.
Ο Quinn τρομοκρατεί τη Veronica, τον Nick και τον LJ, ο Michael φτιάχνει μια συσκευή που τον βοηθά να υπολογίσει πόσο χρόνο θα χρειαστεί η ομάδα για να αποδράσει.
Οι εντάσεις οξύνονται όταν ο Lincoln προειδοποιεί τον Michael ότι κάποιος από την ομάδα θα πρέπει να μείνει πίσω. Ο Michael κάνει πρόοδο στην προσπάθειά του να φτάσει στο ιατρείο.
Καθώς η μέρα εκτέλεσης του Lincoln πλησιάζει, ο Michael ενεργοποιεί το σχέδιο απόδρασης. Ο Kellerman έρχεται αντιμέτωπος με τον Hale και η Veronica χρησιμοποιεί τα ΜΜΕ για να ανακοινώσει μια εξέλιξη που θα μπορούσε να αποδείξει την αθωότητα του Lincoln.
Ο Michael προσπαθεί να καθυστερήσει την εκτέλεση του Lincoln πειράζοντας την ηλεκτρική καρέκλα και αποτυγχάνει. Η Veronica και ο Nick προσπαθούν να πάρουν άδεια εκταφής του Terence Steadman και ο χρόνος λιγοστεύει για τον Lincoln.
Ο Lincoln, ο οποίος νομίζει ότι βλέπει τον πατέρα του στην εκτέλεση, κερδίζει παράταση δύο εβδομάδων όταν ένας δικαστής διατάσσει την εκταφή του Terence Steadman. Ο Sucre βοηθά τον Michael να βρει μια νέα διαδρομή για το ιατρείο, μέσα από το περίπλοκο σύστημα αποχέτευσης.
Αναδρομές στο παρελθόν δείχνουν πώς οι Michael, Lincoln, Sucre, C-Note και T-Bag κατέληξαν στη φυλακή Fox River και πώς η Sara έπιασε δουλειά εκεί.
Όταν ο Michael κλείνεται στην απομόνωση, σχεδόν πεθαίνει από την απελπισία του. Ο Sucre αναλαμβάνει να καλύψει τις τρύπες απόδρασης στο δωμάτιο των φρουρών πριν τις ανακαλύψει το συνεργείο που βάζει τα χαλιά. Ο LJ βρίσκει τον Kellerman.
Ενώ στην ψυχιατρική μονάδα, ο Michael προσπαθεί να κάνει τον Haywire να θυμηθεί το σημείο του τατουάζ του που λείπει, τα υπόλοιπα μέλη της ομάδας προσπαθούν να σταματήσουν τον Bellick από το να δώσει το άδειο κελί του Michael και του Sucre.
Ο Michael προσπαθεί να καταλάβει πώς θα πάρει το κλειδί του ιατρείου από τη Sara, ο Lincoln μαθαίνει για τον ρόλο του πατέρα του στα γεγονότα που κατέστρεψαν τη ζωή του και ο Tweener θέλει οπωσδήποτε να αποδράσει από το σπίτι του Avocado.
Με την τρύπα απόδρασης να έχει ανακαλυφθεί, οι κατάδικοι αναγκάζονται να επιχειρήσουν την απόδραση απόψε, αλλά με τον Lincoln να βρίσκεται υπό 24ωρη παρακολούθηση, ο Michael ίσως αναγκαστεί να τον αφήσει πίσω του.
Ο Michael αναγκάζει τον Pope να μεταφέρει τον Lincoln στο ιατρείο και οι δραπέτες καταφέρνουν να φτάσουν με ασφάλεια στο ξεκλείδωτο γραφείο της Sara. Ο Westmoreland υποκύπτει αλλά αποκαλύπτει το παλιό μυστικό του και έξι από τους κρατούμενους καταφέρνουν να φτάσουν στο τείχος.
Με την απόδραση να έχει αποκαλυφθεί, ο Bellick οργανώνει ένα μεγάλο ανθρωποκυνηγητό για τους κατάδικους. Ο Αντιπρόεδρος Reunolds κάνει μια σοκαριστική επίδειξη εξουσίας και ένας απελπισμένος αγώνας δρόμου στον διάδρομο προσγείωσης οδηγεί σε ένα καταστροφικό αποτέλεσμα.
